Die Deutsche Genbank Obst besteht aus juristischen und natürlichen Personen, die sich zum Erreichen der Ziele der Deutschen Genbank Obst zu obstartenspezifischen Netzwerken zusammengeschlossen haben.

Die Deutsche Genbank Obst tritt nach außen unter dem gemeinsamen Logo auf.

Die Sammlung der Deutschen Genbank Obst besteht aus Teilsammlungen der sammlungshaltenden Partner. Sammlungshaltende Partner (Träger) der DGO können sowohl Bundes- und Landeseinrichtungen, Landkreise, Kommunen sowie Vereine und andere nicht staatliche Organisationen sein. Diese Partner verpflichten sich freiwillig, ihre Sammlungen zu erhalten, nach Möglichkeit zu evaluieren und zu dokumentieren.

Innerhalb eines jeden Netzwerkes wird die Zusammenarbeit der Partner durch eine Kooperationsvereinbarung geregelt und durch eine netzwerkverantwortliche Stelle koordiniert. Die Koordinierungsstelle der Deutschen Genbank Obst ist im Institut für Züchtungsforschung an Obst des Julius Kühn-Instituts, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen in Dresden-Pillnitz angesiedelt.

Eine fachlich-wissenschaftliche Beratung erfolgt durch den Fachbeirat ( ) der Deutschen Genbank Obst.

In internationalen Angelegenheiten wird die DGO durch das Informations- und Koordinationszentrum für Biologische Vielfalt (IBV) , welches bei der BLE angesiedelt ist und vorwiegend beratende Aufgaben hat vertreten. Das IBV integriert die Daten der DGO in internationalen Datenbanken zu pflanzengenetischen Ressourcen wie z.B. in die PGRDEU .